Jalur Putrajaya adalah jalur kedua dari Proyek MRT Lembah Klang.

Jalur tersebut melayani sebuah koridor dengan populasi sekitar 2 juta orang yang membentang dari Kwasa Damansara, sebuah pengembangan kotapraja baru di barat laut Kuala Lumpur dan pinggiran selatannya, hingga Putrajaya, pusat administrasi federal Malaysia.

Jalur Putrajaya sepanjang 57,7 km, terdiri dari jalur layang sepanjang 44,2 km dan terowongan bawah tanah sepanjang 13,5 km Jalur ini memiliki 36 stasiun operasional, 27 di antaranya adalah jalur layang dan 9 stasiun bawah tanah. 5 stasiun sementara lainnya telah dibangun di sepanjang jalur untuk penggunaan masa depan (Rubber Research Institute (RRI), Bandar Malaysia Utara, Bandar Malaysia Selatan, Taman Teknologi, dan Taman Universiti).

Terdapat 10 stasiun interchange dan stasiun penghubung di sepanjang jalur tersebut, sehingga memudahkan para komuter untuk berpindah dari Jalur Putrajaya ke jalur rel yang sudah ada dan yang akan datang. Sebanyak 17 stasiun di sepanjang alinyemen dilengkapi dengan fasilitas park and ride, dengan total 6.416 bay tersedia untuk kenyamanan para komuter.

Pemerintah mengumumkan persetujuannya untuk pelaksanaan Jalur Putrajaya pada tahun 2014. Pelaksanaan Inspeksi Publik sesuai dengan Pasal 84 Undang-Undang Angkutan Umum Darat 2010 kemudian diadakan dari Mei hingga Agustus 2015 bagi anggota masyarakat untuk memberikan umpan balik dan keberatan mereka .

Persetujuan akhir untuk Skema Kereta Api Jalur Putrajaya diberikan oleh Pemerintah pada bulan Oktober 2015, memungkinkan pembebasan lahan dan proses pengadaan untuk dilanjutkan.

Upacara peletakan batu pertama, yang diresmikan oleh Perdana Menteri YAB Dato’ Sri Mohd Najib Tun Abdul Razak, diadakan di lokasi Stasiun MRT Putrajaya Sentral pada 15 September 2016, menandai dimulainya pekerjaan konstruksi Jalur Putrajaya.

Operasi Tahap Satu Jalur Putrajaya, yang membentang dari Kwasa Damansara hingga Kampung Batu diluncurkan oleh Perdana Menteri saat itu Dato' Sri Ismail Sabri Yaakob pada 16 Juni 2022, sedangkan bagian jalur yang tersisa diluncurkan oleh Perdana Menteri Dato' Seri Anwar bin Ibrahim pada 16 Maret 2023.

Jalur Putrajaya diharapkan memiliki penumpang awal lebih dari 104.000 penumpang setiap hari. Ini akan semakin meningkatkan kemacetan lalu lintas kronis saat ini sementara secara signifikan meningkatkan pangsa moda yang ditargetkan dari 40% penggunaan angkutan umum di wilayah Kuala Lumpur Raya.