신라 경순왕(재위:927∼935) 때 무착(無着)이 창건하였으며, 이후의 연혁이 전하지 않아 절의 자세한 역사는 알 수 없다. 《보문암창기(普門庵創記)》에 따르면 1592년(조선 선조 25) 임진왜란 때 불에 탔다가 중창된 것으로 보인다. 당시에 중창하면서 관세음보살을 모시고 신행결사도량으로 삼아 절 이름을 보문련사(普門蓮社)라고 불렀다.

1930년에 강상준이 중건하고, 1971년 주지인 이백련화(李白蓮華)가 중창하여 오늘에 이른다. 주요 건물로는 대웅전과 약사전·산신각·용왕각·요사채 등이 있으며, 유물로는 보문사칠층석탑이 유명하다. 이 석탑은 높이 1m 정도에 불과한 작은 탑이지만 해인사와 금산사·법주사 등에서만 찾아볼 수 있는 점판암으로 된 석탑으로, 일명 청석탑(靑石塔)이라 불리며 고려말이나 조선초에 제작된 것으로 추정된다. 강원특별자치도 유형문화유산 제103호로 지정되었다.)