Trong khuôn viên Thảo cầm viên cây xanh rợp bóng là Bảo tàng Lịch sử Việt Nam – Thành phố Hồ Chí Minh thu hút hàng ngàn lượt khách tham quan mỗi năm. Bảo tàng đã trải qua một thời kỳ dài với những thăm trầm của lịch sử Sài Gòn. Khởi nguyên là Bảo tàng Nam Kỳ

Trong thời kỳ ngự trị, chính quyền thuộc địa Nam Kỳ hầu như không quan tâm đến việc thành lập các viện bảo tàng. Sau nhiều năm vận động chính quyền không thành, năm 1927 Hội Nghiên cứu Đông Dương đã mua được bộ sưu tập Holbé gồm 2.206 cổ vật bằng ngân quỹ và tiền quyên góp. Hội đem tặng toàn bộ hiện vật mà họ sở hữu cho nhà nước thuộc địa và đề nghị chính phủ thuộc địa Pháp ở Nam Kỳ thành lập Viện Bảo tàng với điều kiện hội được đóng trụ sở và đặt thư viện trong Bảo tàng.
Ngày 24/11/1927 Thống đốc Nam kỳ Blanchard de la Brosse ra nghị định thành lập Musée de la Cochinchine tức Bảo tàng Nam Kỳ với trụ sở được chọn như hiện nay. Năm 1928, Pháp khởi công xây dựng bảo tàng. Ngay khi bảo tàng còn trong thời kỳ xây dựng, chính quyền thuộc địa ban hành nghị định đổi tên Bảo tàng Nam Kỳ thành Bảo tàng Blanchard de la Brosse. Bảo tàng được khánh thành và chính thức mở cửa ngày 1/1/1929.

Bảo tàng Blanchard de la Brosse có khoảng 1.000m2 gồm 4 khu vực quanh đại sảnh hình bát giác với các chủ đề: mỹ thuật Trung Hoa, Nhật Bản, Hàn Quốc; mỹ thuật và dân tộc học Nam kỳ, Trung kỳ, Bắc kỳ và Tiền cổ học ở bên cánh phải; mỹ thuật Ấn Độ, Miến Điện, Thái Lan, Java tức Indonesia, Lào, Campuchia, Champa.
Sau nhiều lần chuyển giao quyền sở hữu và đổi tên, ngày nay bảo tàng mang tên Bảo tàng Lịch sử Việt Nam – Thành phố Hồ Chí Minh.

Từ cửa bảo tàng trên đường Nguyễn Bỉnh Khiêm đi về hướng cửa chính Thảo Cầm Viên, người ta có thể thấy tòa nhà Trung tâm Lưu trữ quốc gia II trên đường Lê Duẩn – nơi đang bảo quản hồ sơ tài liệu về bảo tàng thủa sơ khai.