SMP Lokon St. Nikolaus berada satu komplek dengan SMA Lokon St. Nikolaus. Lokasi sekolah berada di kaki Gunung Lokon, di kawasan sejuk dan bersih Tomohon, Sulawesi Utara. Selain Gedung berlantai dua, SMP Lokon memiliki fasilitas laboratorium untuk IPA, IPS, Komputer. Untuk olahraga tersedia kolam renang, sporthall untuk bermain basket, badminton, futsal dan lapangan sepak bola. Siswa boleh tinggal di asrama dengan mengutamakan pendidikan karakter.