Visi SMP Katolik Giovanni Kupang adalah:
“Terwujudnya komunitas pendidikan yang literat, berwawasan global, disiplin dan berkarakter sesuai budaya bangsa yang dijiwai spiritualitas Kristiani.”

Misi yang dirumuskan berdasar visi adalah sebagai berikut:
a. Menciptakan komunitas sekolah yang literat meliputi lingkungan fisik, sosial, afektif dan akademis
b. Mengembangkan mutu pembelajaran yang berorientasi pada pembelajaran aktif, inovatif, kreatif, efektif dan menyenangkan
c. Mengembangkan pendidikan dan pelatihan melalui kegiatan ekstrakurikuler yang terpimpin, terukur dan berimbang.
d. Menciptakan iklim kompetitif di lingkungan sekolah yang berprinsip pada nilai kejujuran dan keterbukaan.
e. Mengembangkan watak dan kepribadian melalui budaya sekolah yang diwujudkan dalam pengamalan nilai-nilai Kristiani, kebangsaan, fraternitas, cinta lingkungan serta penegakan disiplin dalam seluruh aktivitas warga sekolah
f. Mengembangkan kualitas layanan bimbingan dan konseling secara efektif
g. Mengembangkan kompetensi tenaga pendidik dan kependidikan dalam rangka meningkatkan kualitas akses pelayanan sekolah
h. Meningkatkan kolaborasi dan sinergitas bersama pemerintah, lembaga swasta, dan komite sekolah dalam perencanaan, pelaksanaan, pengawasan dan evaluasi penyelenggaraan pendidikan.

Salam Fiat Lux, JAdilah Terang Dalam Iman, Ilmu dan Kasih..