Kalau Pulau Samosir dikatakan sebagai "pulau di atas pulau", Danau Aek Natonang yang berada di Pulau Samosir ini bisa dikatakan sebagai "danau di atas danau" (di atas Danau Toba).

Aksesibilitas ke danau seluas 105 hektare ini sudah diperbaharui, jalanan beraspal bagus, hanya saja minimnya sarana prasarana pendukung, membuat Danau Aek Natonang tidak mendapat kunjungan wisatawan dan direncanakan sebagai areal Hutan Wisata.

Danau Aek Natonang bukan satu-satunya danau di Pulau Samosir, ada sebuah danau lagi yang lebih besar dari Danau Aek Natonang di pulau ini yang bernama Danau Sidihoni.