El Museo Sefardí se encuentra ubicado en el interior de la Sinagoga de Samuel ha-Leví o como popularmente se conoce Sinagoga del Tránsito. Desde sus orígenes, ha sido objeto de diversos vaivenes y modificaciones ofreciéndonos un apasionante testimonio de la historia de nuestro país.
El origen del edificio se remonta al siglo XIV, momento en que fue mandado erigir por Samuel ha-Leví, importante figura de la época, que ocupó diversos cargos de gran relevancia en la corte del rey Pedro I de Castilla, como por ejemplo, Oidor de la Audiencia, Diplomático o Tesorero real.

En 1877 fue declarada Monumento Nacional y desde entonces y hasta 1910 se llevaron a cabo una serie de restauraciones para paliar el mal estado del edificio.
En 1971 el museo abrió sus puertas al público.
A través de la Exposición Permanente, el Museo Sefardí pretende dar a conocer la historia de los judíos en la Península Ibérica como parte de la historia de España. Pretende rescatar del olvido y desvelar el manto de silencio que se cernió sobre la cultura judía en nuestro país, desde su expulsión en 1492 hasta hoy.