Il museo offre la possibilità di essere visitato seguendo dei percorsi specifici su particolari temi:tecnica della formatura in gesso, tecnica della pittura su tavola, fiori e piante nei dipinti, strumenti musicali nei dipinti, la moda nel Trecento.

In occasione della mostra Forme per il David si è sperimentata una didattica per la prima infanzia specificamente dedicata all'arte contemporanea (il David e la contemporaneità).

Il Dipartimento degli Strumenti Musicali in seno alla Galleria dell'Accademia offre ogni anno alle classi della scuola dell'infanzia, della primaria e della secondaria di I e II grado, una serie di laboratori sulla musica e sulla collezione di strumenti medicei che compongono il museo (laboratori sugli strumenti musicali).