As bactérias podem ser classificadas como cocos, bacilos, vibriões, e espirilos. Os cocos podem se agrupar e formarem colônias, nas quais dois cocos formam um diplococo. Quando enfileirados, formam um estreptococos e, em cachos, um estafilococo. Em geral, as bactérias possuem um envoltório rígido denominado parede celular, exceto os micoplasmas, que recobre a membrana plasmática, sendo constituída de uma rede de peptídeos ou lipídios ligados a polissacarídeos chamados peptidioglicanos ou lipopolissacarídeos (LPS), respectivamente. Essa estrutura é alvo de muitos antibióticos que inibem as enzimas transpeptidase e carboxipeptidase, responsáveis pela síntese dos peptidoglicanos. Além do mais, o LPS é uma endotoxina que gera severas respostas imunológicas nos hospedeiros. Há ainda bactérias que apresentam ao redor da parede celular uma estrutura denominada cápsula, formada por proteínas e polissacarídeos, que confere adesão e proteção a esse microorganismo.
As bactérias não apresentam núcleo, desta forma, o DNA fica espalhado no citoplasma da célula. A região que abriga o material genético é chamada nucleóide. Além desse DNA, há pequenos DNAs circulares denominados plasmídeos e são nessas regiões que se encontram os genes de resistência aos antibióticos e que são transferidos para outra bactéria através da conjugação. As bactérias locomovem-se por flagelos e fímbrias (ou pili), sendo esse último também envolvido na troca de material genético da bactéria durante a reprodução sexual (conjugação), por isso também denominado fímbria sexual.

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